5 choses qui endommagent sérieusement vos intestins : un microbiote irréversible ?

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microbiote irréversible

Il y a dix ans, le mot « intestin » n’était pas vraiment à la mode, et personne ne parlait de probiotiques , à l’exception peut-être de ce type au magasin d’aliments naturels qui faisait fermenter sa propre choucroute dans un bocal. Aujourd’hui, vous ne pouvez pas passer plus d’une journée sans entendre parler d’un protocole de guérison des intestins, d’une nouvelle boisson probiotique ou d’une étude sur la façon dont l’état du microbiome semble influencer tout, de la digestion à la santé mentale en passant par l’immunité.

La progression de la recherche sur le microbiome et de la sensibilisation que nous constatons est cruciale, mais une question importante que nous devons également nous poser est de savoir pourquoi la santé intestinale semble plus que jamais menacée. Avec l’aide de spécialistes de l’intestin, une étude à été réalisée sur toute une série de « saboteurs » de l’intestin des temps modernes et ce que vous pouvez faire pour les contrer : 

 1. L’alimentation (bien sûr)

Il ne fait aucun doute que les régimes alimentaires modernes et transformés sont mauvais pour nos intestins. En raison de la grande majorité des subventions agricoles accordées aux producteurs de maïs, de blé et de soja, les prix des aliments contenant ces cultures (dont beaucoup sont riches en sucre et en hydrates de carbone raffinés et pauvres en vitamines, minéraux, micronutriments et fibres) ont chuté, ce qui les rend bon marché et facilement accessibles aux consommateurs. 

Les fibres, présentes dans les légumes, les fruits et une variété de céréales complètes, favorisent la biodiversité microbienne et nourrissent les bactéries intestinales bénéfiques, que ces « bonnes » bactéries utilisent ensuite pour produire des composés anti-inflammatoires et cicatrisants pour l’intestin, appelés acides gras à chaîne courte (AGCC). Aujourd’hui une personne ne reçoit en moyenne que 15 grammes de fibres par jour, alors que nous devrions en recevoir au moins 25 à 30 grammes. « Une partie du problème que nous constatons aujourd’hui pourrait être due à trois ou quatre générations qui ont progressivement diminuées leur consommation de fibres », explique le gastro-entérologue Will Bulsiewicz, en référence à une étude révolutionnaire réalisée en 2016 dans Nature par Justin Sonnenburg, chercheur en microbiologie de l’université de Stanford. 

Pour cette étude, les chercheurs ont donné à des souris un régime pauvre en fibres sur plusieurs générations. Après une génération, il y a eu un déclin de la biodiversité microbienne dans l’intestin, qui était réversible lorsque les aliments riches en fibres étaient remis dans le régime alimentaire. Mais à chaque génération suivante, il y a eu une perte progressive de la biodiversité qui était plus difficile à inverser (et puis, à un moment, impossible à inverser complètement). 

« Par rapport aux Hadza de Tanzanie, certaines des dernières communautés de chasseurs-cueilleurs, les habitants des États-Unis ont environ 40 % de moins de diversité microbienne dans l’intestin », explique M. Bulsiewicz. « Cela nous amène à penser que nous avons essentiellement perdu 40 % de ce que nous sommes censés avoir en tant qu’humains. Dans une certaine mesure, c’est réversible, mais cette étude montre que nous sommes peut-être dans une situation où nous sommes affaiblis dès le départ ».

Une consommation excessive de produits animaux (en particulier en l’absence d’aliments riches en fibres) peut également avoir un impact négatif sur le microbiome intestinal. C’est ce qu’illustre une étude réalisée en 2014 par des chercheurs de Harvard, qui ont soumis le même groupe de personnes à deux régimes alimentaires radicalement différents – un régime alimentaire à base d’animaux composé d’aliments comme le bacon, les œufs, le salami et la couenne de porc, et un régime végétalien composé d’aliments comme le riz, les tomates, les lentilles, les courges et les fruits, et ont mesuré les effets de chacun d’entre eux.
Ce qu’ils ont trouvé : Le régime alimentaire d’origine animale a entraîné une augmentation significative des microbes intestinaux tolérants à la bile, qui sont nécessaires à la dégradation des graisses mais aussi associés à l’inflammation.

En outre, il a été démontré qu’une consommation excessive de glucides raffinés et de sucre réduit la biodiversité microbienne et nourrit les mauvais microbes. « Quelqu’un qui mange beaucoup trop de sucre va devenir un terrain fertile pour la croissance des levures dans son intestin, et il peut obtenir une surcroissance de candida », explique le docteur Vincent Pedre, médecin intégrateur et auteur de Happy Gut. 

2. Les antibiotiques (en médicament et dans l’alimentation)

Bien que les antibiotiques soient nécessaires, voire vitaux dans certain cas, les Centres de contrôle et de prévention des maladies (CDC) estiment que 30 % des antibiotiques prescrits sont totalement inutiles. Et même extrêmement dangereux, car une utilisation inappropriée des antibiotiques peut non seulement provoquer des troubles intestinaux, mais aussi contribuer à l’augmentation des superbactéries résistantes aux antibiotiques. « Les antibiotiques surprescrits sont la première cause de dysbiose intestinale », explique M. Pedre. « C’est pourquoi tant de patients viennent me voir ».

C’est parce que les antibiotiques n’agissent pas seulement sur les bactéries qui causent les infections, ils affectent aussi les microbes résidents. Par exemple, une étude de 2008 a montré que le traitement à la ciprofloxacine, un antibiotique, « influençait l’abondance d’environ un tiers bactéries dans l’intestin, diminuant la richesse taxonomique, la diversité et l’uniformité de la communauté ». Et si beaucoup de ces groupes bactériens se sont rétablis quatre semaines après le traitement, certains ne l’ont pas fait, même après six mois.

Mauvaise nouvelle, même si vous avez réussi à éviter une prescription d’antibiotiques récemment, il est toujours possible que vous soyez exposé. Un article de 2018 présentant les résultats de l’American Gut Project-un projet en cours dans lequel des chercheurs de l’U.C.-San Diego analysent des échantillons de selles provenant de personnes de tout le pays afin de mieux comprendre le microbiome intestinal, a révélé comment les scientifiques ont détecté des antibiotiques agricoles dans des échantillons provenant de personnes qui n’avaient pas pris d’antibiotiques l’année précédente. Un fait pas très réjouissant : « Environ 80% des antibiotiques dans sont en fait administrés au bétail dans le cadre de l’agriculture animale », explique M. Bulsiewicz.

Des recherches beaucoup plus approfondies sont nécessaires pour déterminer les implications de cette découverte, mais cela pourrait signifier que les antibiotiques administrés aux animaux pourraient se retrouver dans le corps humain et affecter l’intestin. 

3. Être déconnecté de la nature

Avec l’industrialisation du monde, les gens sont devenus de plus en plus déconnecté de la nature, ce qui, selon Bush, est l’un des principaux responsables du déclin général de la santé intestinale. Revenons à la Hadza, souvenez-vous qu’elle a 40% de biodiversité intestinale en plus. Ce n’est pas seulement dû à la variété des aliments végétaux riches en fibres qu’ils cueillent, mais aussi au fait qu’ils sont en contact permanent avec le monde naturel qui les entoure, et entre eux.  

« Ce que nous avons appris sur les Hadza grâce au projet sur l’intestin, c’est que leur intestin est en fait une extension de leur grand environnement », explique M. Bush. « Ils sont en contact permanent avec la nature et renforcent donc ce microbiome extrêmement diversifié. Il y a également un contact énorme de peau à peau, ils ne portent pas de vêtements la plupart du temps, les enfants sont toujours sur le dos, le ventre ou les épaules et se transmettent d’une personne à l’autre ».

Tout cela, bien sûr, contraste fortement avec notre mode de vie actuel (personnellement, j’ai de la chance si je fais une randonnée une fois par semaine), et « à mesure que nous réduisons nos contacts avec la nature, les animaux et les autres humains, nous obtenons un microbiome plus étroit », explique M. Bush. 

Petite anecdote : Lorsque les Hadza étaient étudiées par le projet américain Gut Project, un groupe de missionnaires est venu leur donner des boîtes d’antibiotiques au cas où ils tomberaient malades. N’étant pas vraiment familiers avec le concept d’infection, ils se sont assis cette nuit-là et ont mangé tous les antibiotiques, pensant que c’était des bonbons de l’Ouest. La partie la plus folle ? Dans les études génomiques de leur intestin, les scientifiques ont découvert que le lendemain matin, et dans les mois qui ont suivi, il n’y avait aucun changement dans leur microbiome. 

« Ce que cela montre, c’est que si vous êtes en contact avec votre environnement de manière adéquate, vous êtes assez imperméable aux dommages parce que l’écosystème renforce constamment votre rétablissement », explique M. Bush. « Si nous arrêtons de toucher la nature, alors quelque chose comme un antibiotique devient vraiment dommageable ». 

4. Herbicides et pesticides (comme le glyphosate)

De plus en plus, le glyphosate (l’ingrédient actif du désherbant) est présent dans les aliments et dans le corps des gens : Une étude réalisée en 2017 via des échantillons d’urine d’un groupe de résidents californiens entre 1993 et 1996, puis de 2014 à 2016, a révélé que le nombre de personnes ayant obtenu un résultat positif au test de glyphosate a augmenté de 500 % au cours de cette période, et que les niveaux de glyphosate détectés ont augmenté de 1 208 %. Et lors de récents tests effectués par le groupe de travail sur l’environnement (EWG), du glyphosate a été trouvé dans 21 produits céréaliers et snacks populaires à base d’avoine. 

Bien sûr, de nombreux experts débattent de ce que tout cela signifie pour la santé intestinale et de la mesure dans laquelle le glyphosate (et d’autres herbicides et pesticides) affecte le microbiome intestinal, mais selon Bush et Pedre, il y a lieu de s’inquiéter. « Le glyphosate agit en privant les cultures de nutriments en libérant les minéraux dans le sol, et il fait la même chose s’il pénètre dans l’intestin », explique M. Pedre. « Il peut tuer les bactéries en chélatant les nutriments essentiels dont elles ont besoin pour se reproduire et, par conséquent, provoquer une dysbiose ».

Les recherches de Stephanie Seneff du MIT soutiennent cette idée et proposent que le glyphosate est un des principaux moteurs de la maladie coeliaque, maladie auto-immune liée à l’intestin. Une étude de 2013 rédigée par Seneff déclare que « les carences en fer, cobalt, molybdène, cuivre et autres métaux rares associées à la maladie coeliaque peuvent être attribuées à la forte capacité du glyphosate à chélater ces éléments » et que « les poissons exposés au glyphosate développent des problèmes digestifs qui rappellent la maladie coeliaque ». 

Les experts sont encore plus nombreux à s’inquiéter de l’effet du glyphosate sur la qualité du sol, qui peut indirectement affecter l’intestin et la santé générale en privant nos cultures de nutriments. « La santé humaine est proportionnelle à la santé du sol », déclare M. Bulsiewicz. « Il existe des études intéressantes qui comparent les aliments d’aujourd’hui aux mêmes aliments il y a 70 ans, et nous constatons qu’ils étaient plus riches en nutriments il y a 70 ans ».

5. Un stress excessif et un manque de sommeil

Le stress chronique et le manque de sommeil, qui vont souvent de pair, peuvent tous deux interférer avec l’intestin de différentes manières. Votre intestin et votre cerveau parlent par l’axe intestin-cerveau. Cela signifie non seulement qu’une mauvaise santé intestinale peut avoir une influence négative sur votre santé mentale, mais aussi que beaucoup de stress ou de troubles émotionnels peuvent perturber votre intestin.

M. Bulsiewicz pense que les effets du stress peuvent être énormes. « En tant que gastro-entérologue, les patients les plus difficiles dont je m’occupe sont ceux qui ont été victimes d’un traumatisme ou qui ont souffert d’un trouble alimentaire », dit-il. « Vous pouvez dormir, vous pouvez faire de l’exercice, mais si vous ne gérez pas correctement votre stress ou quelque chose de traumatisant qui vous est arrivé, vous n’aurez pas un intestin sain ».

Quant à la façon dont le sommeil affecte la santé des intestins, elle est liée aux rythmes circadiens. « Les perturbations du rythme circadien provoquent des altérations du microbiome intestinal », explique M. Pedre. « Je vois beaucoup de gens qui font de longues distances en avion et qui ne peuvent pas perdre de poids. En fait, dans une étude de 2014, des chercheurs ont induit un décalage horaire artificiel chez des souris (simulant les changements de lumière du soleil qui se produiraient lors d’un vol de Tel Aviv à San Francisco) et ont découvert que l’intestin passait très rapidement à un type de microbiome qui favorise la résistance à l’insuline et la prise de poids. Et bien que le fait de rester debout jusqu’à minuit en faisant défiler Instagram n’affecte probablement pas votre intestin dans la même mesure qu’un vol transocéanique, il perturbe toujours le rythme circadien idéal de votre corps.

Que pouvez-vous faire pour renforcer vos intestins ?

Comme vous pouvez le constater, vous ne maîtrisez pas la santé de vos intestins aussi bien que vous aimeriez le croire. Cela dit, « nous en savons plus sur le fonctionnement du corps aujourd’hui que nous ne l’avons jamais fait dans l’histoire de l’humanité », déclare M. Bulsiewicz. « Donc, lorsque nous parlons de ces choses, ce que nous faisons, c’est identifier les problèmes existants, puis la deuxième phase consiste à créer des solutions à ces problèmes ».

L’une des solutions dont vous avez probablement le plus entendu parler est celle des probiotiques, ces bactéries qui aident à maintenir une bonne santé, en particulier dans l’intestin.* Ainsi, lorsque vous prenez un supplément probiotique, vous ajoutez davantage de ces bonnes bactéries à votre intestin.* « Pensez aux probiotiques comme à vos petits auxiliaires qui rétablissent l’ordre et aident à maintenir l’harmonie dans votre écosystème intestinal », a déclaré précédemment M. Pedre à mbg. Il existe de nombreuses preuves que les probiotiques sont bénéfiques pour gérer les problèmes intestinaux tels que la diarrhée causée par les antibiotiques, ainsi que la constipation, entre autres avantages*. « Il y a certainement des gens qui bénéficient des probiotiques, mais nous n’avons pas encore déterminé quel probiotique convient à quelle personne », explique M. Bulsiewicz. 

Il existe également d’autres pratiques de vie pour aider à soutenir votre microbiome, comme manger plus de fruits et légumes, opter pour des produits biologiques, faire de l’exercice régulièrement, passer du temps avec les animaux, méditer pour réduire le stress, dormir suffisamment et soutenir les initiatives d’agriculture durable.

Vous ne pourrez pas changer votre intestin du jour au lendemain, mais ces petits gestes peuvent contribuer à renforcer un microbiome plus sain.

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