L’épidémie de coronavirus en France n’a pas été causée par des cas importés de Chine, mais par une souche circulant localement et d’origine inconnue, selon une nouvelle étude réalisée par des scientifiques français de l’Institut Pasteur à Paris.
L’analyse génétique a montré que les types dominants des souches virales en France appartenaient à un clade qui ne provenait pas de Chine ou d’Italie, le premier point chaud d’Europe.
« L’épidémie française a été principalement déclenchée par une ou plusieurs variantes de ce clade … nous pouvons en déduire que le virus circulait silencieusement en France en février », ont déclaré les chercheurs dirigés par le Dr Sylvie van der Werf et Etienne Simon-Loriere dans un article non soumis à l’examen des pairs publié sur bioRxiv.org la semaine dernière.
La France a détecté le virus fin janvier, avant tout autre pays d’Europe. Quelques patients ayant voyagé, notamment dans la province chinoise du Hubei, ont été prélevés le 24 janvier et se sont révélés positifs.
Le gouvernement français a pris des mesures rapides et décisives pour retracer les contacts des personnes infectées et empêcher toute nouvelle infection.
Toutefois, ces souches n’ont pas été trouvées chez les patients testés après les premiers cas importés, ce qui suggère que « la quarantaine imposée aux premiers cas de Covid-19 en France semble avoir empêché la transmission locale », ont déclaré les chercheurs.
L’institut Pasteur a collecté des échantillons de plus de 90 autres patients à travers la France et a découvert que les souches provenaient toutes d’une même lignée génétique. Les souches suivant cette voie unique d’évolution n’avaient jusqu’à présent été détectées qu’en Europe et en Amérique.
Le premier échantillon dans la clade française a été prélevé le 19 février sur un patient qui n’avait pas d’antécédents de voyage et aucun contact connu avec des voyageurs de retour.
Plusieurs patients avaient récemment voyagé dans d’autres pays européens, aux Émirats arabes unis, à Madagascar et en Égypte, mais il n’y avait aucune preuve directe qu’ils avaient contracté la maladie dans ces destinations.
À la surprise des chercheurs, certaines des dernières souches collectées étaient génétiquement plus anciennes que le premier échantillon de ce clade.
Une explication possible, selon les auteurs, était que la transmission locale se produisait en France depuis un certain temps sans être détectée par les autorités sanitaires.
Le gouvernement français n’a peut-être pas détecté la transmission. Selon les chercheurs, une grande partie de ces patients pourraient avoir eu des symptômes légers ou n’en avoir eu aucun.
Les chercheurs ont également découvert que trois séquences prélevées ultérieurement en Algérie étaient étroitement liées à celles de la France, ce qui suggère que des voyageurs en provenance de France pourraient avoir introduit le virus dans ce pays africain et avoir provoqué une épidémie.
Benjamin Neuman, professeur et titulaire de la chaire de sciences biologiques à l’université Texas A&M-Texarkana, a déclaré que les souches françaises pourraient provenir de Belgique, où certaines séquences les plus proches de la souche originale de Chine ont été regroupées.
« Les premières souches européennes du coronavirus Sars-CoV-2 semblent être associées à la Belgique, l’idée que le virus se soit propagé de Belgique en Italie et en France à peu près au même moment semble plausible, comme le soutient cet article », a-t-il déclaré.
La France est le dernier en date d’un nombre croissant de pays et de régions où aucun lien direct entre la Chine et les épidémies locales n’a pu être établi.
Les souches dominantes en Russie et en Australie, par exemple, provenaient respectivement d’Europe et des États-Unis, selon certaines études.
Ces conclusions ont attiré l’attention de certains politiciens qui ont tenté de détourner la colère nationale de leur gestion de la crise en rejetant la faute sur la Chine.
Le président américain Donald Trump s’est attaqué aux médias sociaux après que deux équipes américaines distinctes ont découvert que les tensions qui dévastent New York venaient d’Europe.
« Donc maintenant, le Fake News @nytimes retrace les origines du Coronavirus en Europe et non en Chine. C’est une première », a-t-il tweeté le 11 avril, en référence à un article sur les études dans la section scientifique du New York Times.
Les résultats mettent également en évidence les difficultés que rencontrent les gouvernements pour remonter à la source des épidémies de coronavirus.
Les pays moins développés ne sauront peut-être jamais d’où proviennent leurs souches en raison de l’insuffisance des tests et des capacités de séquençage.
L’Inde, par exemple, a rendu publique la séquence génétique de moins de 40 échantillons à ce jour, un petit nombre compte tenu de son énorme population.
Selon une étude récente, la plupart des souches échantillonnées dans 35 cas précoces provenaient de clades dont l’origine se situe en Italie et en Iran, et quelques unes seulement en Chine. Mais les chercheurs n’ont pas été en mesure d’aller plus loin en raison du manque de données.
Un scientifique de l’étude, le Dr Mukesh Thakur, du Zoological Survey of India, a déclaré qu’il était trop tôt pour exclure la Chine comme source des épidémies en Inde, car le nombre d’échantillons disponibles était limité.
Une étudiante de 20 ans qui étudie la médecine à Wuhan, par exemple, pourrait avoir été en contact avec de nombreuses personnes sur le chemin du retour avant d’être testée positive le 30 janvier.
M. Thakur a déclaré que les médias locaux ont rapporté que le gouvernement indien avait mis en quarantaine 3 500 personnes, peut-être liées à trois cas positifs importés de Wuhan.
« Dieu sait combien d’entre elles ont été testées positives au cours des étapes suivantes », a déclaré M. Thakur dans une réponse par e-mail aux questions de la Post mardi.
Certains scientifiques éminents, dont Francis Collins, directeur des Instituts nationaux de la santé des États-Unis, ont déclaré que le virus pourrait s’être répandu discrètement chez les humains pendant des années, voire des décennies, sans provoquer d’épidémie détectable.
Le virus s’était donc bien adapté au corps humain. Certains gènes régulant sa liaison aux cellules hôtes étaient similaires, voire identiques, à ceux trouvés dans certains autres virus humains hautement infectieux, tels que le VIH et le virus Ebola.
Selon certaines estimations, l’ancêtre du Sars-CoV-2, le virus responsable du Covid-19, aurait laissé des chauves-souris il y a 50 à 70 ans. Une étude récente menée par une équipe de généticiens de l’université d’Oxford a estimé que la première manifestation de la pandémie actuelle pourrait avoir eu lieu dès le mois de septembre de l’année dernière.
Ils ont constaté que les souches dominantes circulant en Chine et en Asie étaient génétiquement plus jeunes que certaines souches populaires aux États-Unis.
Source : SCMP ; Traduction : Les codes de la santé